《塞尔达传说：时之光笛3D》是1998年Nintendo 64游戏《塞尔达传说：时光之笛》在Nintendo 3D平台上的重制版。该作由Grezzo开发，于2010年电子娱乐展览会上正式宣布，当时只发布了几张介绍的屏幕截图。在2011年的游戏开发者大会上，时任任天堂株式会社社长岩田聪暗示游戏的发行时间为当年6月。日本的实际发行时间后来定为2011年6月16日，欧洲为同年6月17日，北美为同年6月19日。该游戏还整合了原本为Nintendo GameCube平台独占的“大师任务”。
内容变化[]
图形[]
《塞尔达传说：时之光笛3D》是该系列中第一个重新制作图形系统，而非简单移植的版本，这使它能进一步发挥硬件性能。同时，这也是迄今为止唯一一个完全移植的版本，在此之前和之后的Nintendo GameCube、Wii和Switch Online版本都只是通过软件技术进行模拟，因此，同原作相比，该作中的大多数纹理细节都更加丰富，且模型也更加复杂，能够很好地还原游戏概念和宣传艺术中的形象。此外，与原版相比，《塞尔达传说：时之光笛3D》的帧率由每秒30帧提高到每秒20帧，大大减少了掉帧的可能。
物品系统[]
游戏中的装备物品系统得到了完全重制。其中，游戏公告中特别提到因为水之神殿关卡需要多次切换浮空靴和重铁靴，因此二者都被转化成了物品。此外，玩家可以在子菜单中选择箭的类型，当玩家在库存中两次选择弓时，该菜单会自动弹出。新的物品系统包含了两个被分别映射到“X”和“Y”按钮的快捷键，以及显示在下方触摸屏右侧的“I”“II”栏位。玩家可以自定义这些快捷键和栏位对应的项目。此外，物品界面新增了整理功能。各个物品在界面中的位置也不再是固定的，当玩家获取新物品时，它会自动出现在4×5网格中的下一个可用位置。在选中一项物品后，上方屏幕会显示对应该物品的3D模型和文字描述。
控制系统[]
得益于Nintendo 3DS的双屏设计，原作中的大部分抬头显示内容都被移动到了下方触摸屏上，这使得上方屏幕基本没有叠加的菜单或提示。唯一留在上方屏幕的是对应“A”按钮交互提示，它采用了新的透明化设计。通过下方触摸屏，玩家可以快速访问物品、装备和地图界面。“土笛”按钮也被永久固定在了下方触摸屏的左下角。而左上角则增加了一个“视角”图标，点击后，游戏的主画面会切换至第一人称视角，此时，玩家可以使用左摇杆或陀螺仪来看向特定方向，也可以用于远程武器瞄准。在没有锁定敌人的时候，如果按住“L”键（左侧肩键）可以左右环顾，查看四周情况。每当娜薇想要提供建议时，“视图”图标都会被“娜薇”图标取代，玩家可以触摸该图标来听到她要说的话，她的名字也会在上方屏幕的底部闪烁。
大师任务[]
在完成主线任务后可以解锁《塞尔达传说：时之光笛3D》的“大师任务”模式。允许玩家使用重新设计过的迷宫地图。与Nintendo Gamecube版本不同，《塞尔达传说：时之光笛3D》“大师任务”模式的地图是镜像的，而且林克也会成为右利手。除了此之外，所有的敌人都会对林克造成两倍的伤害，使游戏更具挑战性。
首领挑战[]
在完成森之神殿任务后，玩家可以控制林克回到自家床前参加“首领挑战”，同此前交手过的怪物头目再次战斗。这个新功能增加了计时。每次击败头目后，游戏都会统计胜利次数和时间。再次击败所有头目后，
再次击败所有头目后，“连战”模式将被解锁。在该模式下，林克必须一个接一个地与头目进行战斗。在每场战斗结束时，玩家都会获得一个宝箱，其中包含德库种子或心心等道具。在整个“连战”模式中，林克只能使用随身携带的瓶装物品恢复心心。
提示影片与希卡石[]
《塞尔达传说：时之光笛3D》加入了“提示影片”功能，在解谜或者战斗遇到阻碍时，可以为玩家提供提示和指引。玩家可以控制林克与分布在游戏世界中的希卡石互动，打开提示影片界面。随着玩家游戏进度的推进，对应的提示影片也会渐次解锁。在“大师任务”模式下，提示影片功能将变得不可用。
其他变化[]
地点[]
- 成年时期的城邑废墟损坏程度有所减轻，包括杂货店、幸福面具店都可以被识别出来。
- 幸福面具店的外观几乎被重新设计，它的外观变得更像一座住宅，而非商店。商店内部还展示了面具和《塞尔达传说：魔法面具》中的背包。
- 在城邑后巷中，摄像机会跟随林克而不是留在原地。
- 大多数城镇的墙壁都被赋予了更多细节，例如，鼓隆城的墙壁上出现了多东哥装饰，卡卡利科村的墙壁上出现了海报。
- 世界环境的几何图形进行了各种细微的更改，例如，海拉鲁平原一带的卓拉河部分河岸增加斜坡，通往卡卡利科村的台阶变得不平坦。
- 钓鱼池经过了重新设计，看起来更加逼真，而且沉饵的位置也发生了变化。
- 在第一次尝试寻找萨莉娅时，背景音乐不会再导致迷失森林中的某些乐器静音。唯一静音的区域是森之圣域入口处的区域，以免玩家无法继续前进。
- 王族陵墓现在一开始就有一扇门。
- 暗之神殿入口平台上火之奖章符号被删除了。
- 《塞尔达传说：时之光笛3D》并没有使用预渲染背景，而是像其他区域一样进行3D实时渲染。
- 在森之圣域里隐藏有两个野狼战士的石窟看起来完全不同。石窟里的墙壁不再是会跟随林克的移动改变颜色的金属墙，而是岩壁。同时，环境中增加了发光粒子效果。
- 科奇里仍会消失在视线中，但距离更远。
- 格鲁德要塞内的石头障碍物被木制障碍物取代。
- 井底的入口现在被一块巨石堵住了去路。一旦井被排空，巨石就会被移除。
- 在城堡中庭的《超级马里奥64》彩蛋被《新超级马里奥兄弟》彩蛋所取代。
- 墓地中的一堵墙变得更高了，防止玩家直接跳入暗之神殿。
神殿与迷宫[]
- 冰之洞窟中学习《水之小夜曲》的房间看起来更加逼真。
- 覆盖在井底中央房间地板上的血液看起来更逼真，因此更难看到。
- 森之神殿中的砖块变得更加明显，看起来不再像简单的瓷砖。
- 森之神殿中的一个水晶开关被替换为地板开关。
- 在通往森之神殿幻影盖农巢穴的小路上，沿墙增加了几幅画作。
- 一些位于铁窗后面的水晶开关已被移动，如水之神殿和魂之神殿，因为林克在《塞尔达传说：时之光笛3D》中无法穿墙击中物体。
- 时光神殿增加了更多的柱子，地毯延伸到整个房间，而且地板有了反射效果。神殿里的柱子更细，和墙壁之间也有了更多的空间。此外，神殿里还出现了三角神力造型的吊灯和可见的天花板。
- 崩鼓崩鼓巢穴的墙壁现在清晰可见。
- 暗之神殿中船的鸟头雕像已被一个戴着红色头罩的死神形象所取代，并且在移动时会释放出烟雾。
- 通往盖侬多夫巢穴的楼梯墙壁覆盖着海利亚文，这些文字会定期改变颜色。同样的效果也出现在双子姥妈巢穴中。
- 通往盖侬城堡的彩虹桥设计更加精致，并且配有栏杆。
- 林克与盖侬多夫战斗的房间纹理已完全重新设计，看起来更加精致。
- 玩家已经不可能从森之神殿的移动平台上跳下来了。
- 水之神殿中出现了提示水位的边框，并且过场动画摄像机的角度发生了变化，帮助玩家解决难题。
- 第一次进入森之神殿时添加了一个过场动画，显示树上的宝箱。
角色[]
- 希克的模型便得更加女性化，这可能是因为原作造型偏中性，引发了关于角色性别的争论。希克在《光之序曲》的过场动画中还会提到首领挑战模式。
- 娜薇现在每小时都会提醒玩家休息。她还建议玩家在遇到困难时前往希卡石处寻求指引。
- 露朵的造型经过了细微调整，躯干上多出了鳍状纹路。
- 英帕的默认姿势更为右臂抬起，左手放在右手肘部。而在原作中，她的手臂交叉抱在一起。
- 盖侬多夫的一些语音文件已被更改。例如，在通往城邑的吊桥上遇到林克时，他的笑声听起来大不相同。
- 在最终战斗中，盖侬多夫的身影从城堡的废墟中出现，短暂地喘了口气后使用力量三角变身。在最初的游戏中，他的嘴巴自始至终都张得很大。同时，由于照明的变化，他的盖侬形态对比原作显得更加明显。
- 游戏中几乎所有角色的动画都被重做过，显得更加夸张和精致。
- 因为游戏控制界面变得更加合理，所以当娜薇想与林克交谈时，会在上方屏幕底部作提示。
- 在战斗中，成年林克有时会用与《塞尔达传说：黄昏公主》中几乎相同的方式挥舞手中的剑。
- 天魔手的阴影变得更加精细，明显类似于一只手，而不是原来的圆圈。
- 在原版游戏中，铁甲武士的头盔内部有一个格鲁德族的头部模型。在《塞尔达传说：时光之笛3D》中，这个模型被制作组移除。
- 娜薇镇针对肥皂泡弹的提示已经完全改变，现在它会建议玩家逃跑而不是攻击。
- 卓拉河中“世界闻名的五大蛙高音”小游戏已重新映射按键，更接近Nintendo 3DS的按钮/陶笛音符布局。
- 在最终战斗中对盖侬的最后一击略有调整，盖侬在林克用大师之剑对他的额头进行攻击前会略微转头。在最初的游戏中，林克实际上直接刺入了盖侬的嘴里（伴随飞溅的血液），视觉上更加暴力。同时，当林克从收回大师之剑时，添加了剑鞘音效。
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