The Legend of Zelda: Phantom Hourglass to kolejna odsłona przebojowej sagi - tym razem przygotowana wyłącznie z myślą o konsoli Nintendo DS. Akcja niniejszego programu ma miejsce w kilka miesięcy po wydarzeniach, które przedstawiono w poprzedniej części, noszącej podtytuł The Wind Waker.
Link i Tetra wraz z bandą piratów wyruszają na morską wyprawę, chcąc odkryć nowe tereny. Jednak w trakcie podróży natrafiają na gęstą mgłę. Tetra znajduje się w niebezpieczeństwie w trakcie eksploracji napotkanego wraku statku, a Link, chcąc pomóc przyjaciółce, wpada do oceanu. Woda wyrzuca nieprzytomnego bohatera na brzeg tajemniczej wyspy, gdzie budzi go pewien równie tajemniczy głos. Należy on do wróżki, która postanawia udzielić pomocy i odnaleźć Tetrę.
Dla nowicjuszy przygotowano łatwy do zrozumienia samouczek. Autorzy wprowadzili także szereg interesujących łamigłówek oraz intuicyjne opcje na ekranie dotykowym. Korzystanie z rysika jest bardzo proste – gracz może np. stukać w wyświetlacz przez co porusza postacią Linka; istnieje także opcja korzystania ze stylusa, jako broni białej. Na górnym ekranie niekiedy znajdziemy szybkie podpowiedzi, zaś na dolnym możemy notować uwagi, rysować trasę statku, podczas gdy jeden z członków załogi zajmuje się armatą. W trakcie zabawy możemy również korzystać z bumerangu, przyciągając go do siebie, a następnie trafiać nim do celu.
The Legend of Zelda: Phantom Hourglass oferuje tryb wieloosobowy za pośrednictwem Wi-Fi. Wówczas gracz przemierza Linkiem szereg lochów, aby zdobyć Triforce, a także rozkazuje przeciwstawiającymi mu się siłami zbrojnymi.