Le Baba Rupie sono delle speciali gemme nere che sottraggono le Rupie a Link quando le prende. Sono apparse in Four Swords, Phantom Hourglass e Skyward Sword.
Four Swords[]
In questo gioco sono chiamate semplicemente Rupie Nere. Si trovano principalmente sotto le rocce o nell'erba e prendono un ammonto di rupie casuale. In certi casi può anche essere un bene: se tutti i Link hanno la salute al massimo la quantità di rupie persa può essere duplicata se ripresa.
Phantom Hourglass[]
La prima Baba Rupia può essere trovata sul Vascello Fantasma dopo che una delle Sorelle Cubus consiglia a Link di aprire uno scrigno fra i due che può scegliere. Altre si trovano sull'Isola Buca o sull'Isola del Defunto.
Skyward Sword[]
Qui le Baba Rupie si possono trovare scavando nel minigioco Stana la Rupia (livello intermedio o avanzato) e fanno perdere 10 rupie. Sull'Isola della Roulette delle piattaforme su cui si può atterrare sono nere e se ci si capita sopra, al posto di ricevere rupie si dovrà pagarne 10 a Dodo. Un modo per trasformare le Baba Rupie che si trovano in giro in rupie dal valore casuale è versarci sopra delle Spore di Fungo.