Le Baba Rupie sono delle speciali gemme nere che sottraggono le Rupie a Link quando le prende. Sono apparse in Four Swords, Phantom Hourglass e Skyward Sword.
Four Swords
In questo gioco sono chiamate semplicemente Rupie Nere. Si trovano principalmente sotto le rocce o nell'erba e prendono un ammonto di rupie casuale. In certi casi può anche essere un bene: se tutti i Link hanno la salute al massimo la quantità di rupie persa può essere duplicata se ripresa.
Phantom Hourglass
La prima Baba Rupia può essere trovata sul Vascello Fantasma dopo che una delle Sorelle Cubus consiglia a Link di aprire uno scrigno fra i due che può scegliere. Altre si trovano sull'Isola Buca o sull'Isola del Defunto.
Skyward Sword
Qui le Baba Rupie si possono trovare scavando nel minigioco Stana la Rupia (livello intermedio o avanzato) e fanno perdere 10 rupie. Sull'Isola della Roulette delle piattaforme su cui si può atterrare sono nere e se ci si capita sopra, al posto di ricevere rupie si dovrà pagarne 10 a Dodo. Un modo per trasformare le Baba Rupie che si trovano in giro in rupie dal valore casuale è versarci sopra delle Spore di Fungo.