Les trésors sont des éléments de Phantom Hourglass.
Il en existe huit sortes. On peut les collecter en participant à des mini-jeux, dans plusieurs coffres au trésor ou en parlant à certains personnages, comme Nyave. Link peut posséder quatre-vingt-dix-neuf exemplaires d'un même trésor.
Certains trésors sont des références à des opus précédents de la série, comme la couronne Ruto (référence à la princesse Ruto), la plume dorée qui rappelle la plume d'or de The Wind Waker... La plupart d'entre eux réapparaît ensuite dans Spirit Tracks.
Trésors[]
| Icône | Nom | Image |
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Ambre Goron | 
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Anneau Royal | 
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Collier de Nacre | 
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Collier de Perles | 
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Corail Rose | 
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Couronne Ruto | 
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Écaille de Zora | 
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Plume Dorée | 
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Vente et échanges[]
Link peut choisir de les vendre au Comptoir aux Trésors de l'île Melka : leur valeur monétaire varie entre cinquante et mille-cinq-cents rubis. Elle change d'une partie à l'autre. L'anneau royal a cependant une valeur fixe de mille-cinq-cents rubis.
Il est également possible de les vendre sur le bateau du peuple Ho Ho pour des prix parfois plus intéressants que ceux du Comptoir aux Trésors. Toutefois, les trésors recherchés par les Ho Ho changent régulièrement et de manière aléatoire.
Grâce à Barry Lennon, il est possible d'échanger des trésors avec d'autres joueurs (mais cela ne fonctionne pas entre deux parties d'un même joueur).