A ne pas confondre avec le Sanctuaire d'A Link to the Past, le Sanctuaire des Sages, le Sanctuaire de la Forêt et le Grand Sanctuaire Ancien.
Le Sanctuaire est un lieu sacré présent dans The Minish Cap. Situé à cheval entre le royaume d'Hyrule et le Pays Minish, son entrée se trouve sur le mur nord du jardin situé dans la cour du château d'Hyrule. Seuls les individus du peuple Minish et les enfants hyliens peuvent repérer l'entrée, et rentrer à l'intérieur du sanctuaire. En outre, la porte de ce sanctuaire ne s'ouvre qu'une seule fois par siècle. Rares sont les hyliens à être au courant de l'existence de ce lieu.
À chaque fois que Link obtient l'un des quatre Éléments, il est autorisé à entrer brièvement dans le sanctuaire pour fusionner les pouvoirs de l'élément avec l'épée Blanche, obtenue à partir de la réparation de l'épée Minish brisée. L'épée est plantée dans le piédestal central, situé dans la chambre principale du sanctuaire, pour récupérer le pouvoir des éléments obtenus. Une fois que l'épée a récupéré les pouvoirs des 4 éléments, elle se transformera en épée de Quatre, une puissante épée dont les pouvoirs sont équivalents à celle de la légendaire épée Minish. Seule cette épée est capable d'annuler les sortilèges de pétrification lancés par Vaati et de contrecarrer les plans de ce dernier. Il est probable que l'épée Minish originale ait également été créée à partir de ce sanctuaire.
En fonction du nombre d'éléments disponibles, l'épée récupère la capacité de créer des clones temporaires de Link. 2 éléments permettent de créer 1 clone, 3 éléments permettent de créer 2 clones et les 4 éléments permettent de créer 3 clones. C'est cette même capacité qui est à l'origine des 4 Links que l'on peut voir dans Four Swords et Four Swords Adventures.
Une autre salle se trouve également à l'arrière du sanctuaire. Elle contient des vitraux qui racontent la légende du Héros des Humains, de la Force et de l'épée Minish. Elle est accessible uniquement en utilisant l'épée de Quatre sur la stèle qui cache l'entrée. C'est en laissant Link ouvrir l'accès que Vaati apprendra que la Force est cachée dans l'âme de la princesse Zelda.
A chaque fois que Link retournera dans le sanctuaire, il devra utiliser ses nouveaux pouvoirs pour activer les interrupteurs qui ré-ouvriront la porte de sortie.
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