Dans Ocarina of Time 3D, le Boss Challenge est un mode qui se débloque après le temple de la Forêt, et au fur à mesure de la progression du jeu. Il permet d'affronter chaque Boss déjà vaincu par Link au cours de sa quête (sauf Ganondorf/Ganon). Pour y accéder, Link doit regagner sa maison, dans la forêt Kokiri , fixer son lit et choisir entre se reposer (restaure son énergie vitale) ou revivre un combat.
Le premier mode[]
Dans un premier temps, Link va pouvoir affronter chaque Boss (à l'exception des combats finals contre Ganondorf puis Ganon), tout en étant équipé de manière minimale : il a uniquement les objets nécessaires pour tuer son adversaire (par exemple, le lance-pierre des fées pour Gohma). Il dispose parfois de potions, ou de lait pour restaurer son énergie vitale si besoin. De plus, il est doté du même nombre de cœurs qu'il devait posséder pour chaque Boss : 3 pour Gohma, 4 pour King Dodongo et ainsi de suite.
On peut également noter la présence d'un chronomètre qui permet de comptabiliser le temps passé sur chaque boss, et ainsi en faire un défi où l'enjeu serait de battre chaque Boss en y passant le moins de temps possible.
Une fois que Link aura vaincu tous les boss, un nouveau mode va se débloquer.
Un nouveau mode[]
Les deux coffres qui apparaissent à l'issue des combats.
En effet, une fois tous les boss vaincus on voit apparaître le choix "tous". Comme son nom l'indique, il va s'agir de battre tous les boss, mais sans aucune interruption entre eux. Ce qui signifie qu'à la moindre défaite, il faudra tout recommencer... Il y a aussi quelques différences par rapport au mode individuel. Link dispose d'un nombre de 5 cœurs pour l'ensemble des boss (seulement 3 coeurs dans la Master Quest) et d'un équipement limité. Néanmoins, on peut pallier à cette difficulté en ouvrant l'un des deux coffres (un grand ou un petit) qui apparaissent à l'issue de chaque combat. Ces coffres contiennent des objets, des munitions, et de quoi restaurer son énergie vitale.
Dans ce mode, les boss sont combattus dans leur ordre d'apparition dans le jeu, sans possibilité de modifier cet ordre.
Là encore, il y a un chronomètre qui comptabilisera le temps total passé à combattre. A noter que le fait d'aller ouvrir un coffre à la fin d'un combat fait donc perdre quelques secondes à chaque fois.