La guerre d'unification d'Hyrule est un conflit ayant eu lieu avant Ocarina of Time.
On en sait peu au sujet de cette guerre, mis à part le fait qu'elle fut très longue.
Link entend parler de la guerre d'Hyrule pour la première fois lorsque le Bourgeon Mojo lui révèle ses origines. Il apprend ainsi que sa mère fuyait la guerre et le confia à l'Arbre Mojo avant de mourir. A l'issue de la guerre, le roi d'Hyrule unifia tous les peuples d'Hyrule sous son autorité. Les dirigeants des autres peuples lui jurèrent fidélité, Ganondorf compris. La paix fut de courte durée puisque Ganondorf trahit rapidement le roi pour tenter de s'emparer du royaume.
C'est aussi cette guerre qui a causé la disparition totale des Sheikahs, peuple au service de la famille royale, du moins selon l'histoire officielle d'Hyrule.
La théorie la plus tenace dit que Bongo Bongo, Monstre de l'Ombre, aurait ligué tout les Sheikahs excepté Impa contre l'union d'Hyrule (Gorons, Hyliens et Zoras) au côté des Gerudos, avant la montée au pouvoir de Ganondorf. Les représailles du royaume auraient impliqués l'anéantissement des rebelles et la mort de la reine Gerudo, qui laissera place au roi des voleurs.