La Skullwalltula es un enemigo poco frecuente en la saga de Zelda. Se encuentran predominantemente en las mazmorras. Guardan una estrecha relación con las Skulltulas. Las Skullwalltulas se aferran a las paredes escalables o escaleras, donde sirven como obstáculos y enemigos al mismo tiempo. Si Link intenta escalar la pared antes de darles muerte, la Skullwalltula se iluminará en un color púrpura. Si Link no para de moverse en ese momento, la Skullwalltula cargara contra él, golpeándolo y tirandolo de la pared. Es posible desplazarse en la pared sin acabar con ellas, siempre que vean a Link moviéndose.
Las armas efectivas contra las Skullwalltulas suelen ser mayormente armas a distancia, incluyendo el Gancho. Si Link se acerca a una pared en la cuál hay Skullwalltulas y usa el Martillo Megatón, las ondas de choque hacen que se precipiten contra el suelo, matándolas. Curiosamente, si Link continuamente usa el ataque del Martillo Megatón después de golpear a una Skullwalltula, se repite continuamente la secuencia de la muerte, lo que permite a Link hacer malabares con sus cuerpos.
En la mayoría de las versiones de The Legend of Zelda: Majora's Mask, sólo aparece una Skullwalltula en un agujero escondido debajo de la Pradera de Termina. En la versión japonesa del juego, las Skullwalltulas solamente aparecen en un agujero escondido debajo del Palacio Deku. Este agujero oculto es uno de los dos retirados en las últimas versiones del juego, que originalmente se debían atravesar para llegar al agujero oculto donde se encuentra al Vendedor de Judías.