Las Semillas Boko Baba (Boko Baba Seed en las versiones inglesas) son unos objetos que aparecen en The Legend of Zelda: The Wind Waker. Son unas semilas verdes espinosas que se pueden obtener al destruir una Boko Baba. Si se entregan cuatro a Nyatoh en la Isla del Bosque, él las meterá en un caldero y entregará a Link una Poción Azul.