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El Palacio del Crepúsculo se encuentra en el Reino del Crepúsculo. Aquí es donde reina la Princesa del Crepúsculo, hasta que Zant, con la ayuda de Ganondorf, toma el poder y realiza su ataque contra Hyrule.
Link y Midna acceden al Reino del Crepúsculo a través del Espejo del Crepúsculo, cuyos fragmentos tuvieron que recuperar por todo Hyrule después de que Zant lo destrozara.
Dentro del Palacio, Link recogerá dos Taiyo, que devolverán la energía al Reino del Crepúsculo y a los habitantes de éste a su forma normal, a la vez que dotará a la Espada Maestra del poder de disipar el crepúsculo permitiendole a Link de poder seguir en su forma humana.
El sub-jefe de esta mazmorra es Phantom Zant y el jefe es Zant, Tirano de las Sombras. Cuando Link vence a Zant, Midna recupera la Sombra Fundida y mata a Zant.