Un jefe es un tipo especial de enemigo que aparece al final de una mazmorra. En Link's Awakening, son llamados "pesadillas". Los jefes son enemigos más difíciles que los enemigos normales, y, con la excepción de los primeros juegos de la serie de Zelda, a menudo requieren el uso de un objeto en particular, adquirido anteriormente en la mazmorra, para derrotarlos. Los jefes finales son generalmente los principales antagonistas de los juegos, aunque no siempre se encuentran dentro de una mazmorra.
A continuación se muestra una lista de los jefes que aparecen a lo largo de la serie:
